Dikenal adalah salah satu Pokémon pertama yang diciptakan oleh ilmu pengetahuan. Para ilmuwan yang menciptakannya bermimpi untuk menciptakan Pokémon terkuat di dunia. Mewtwo secara luas dianggap unik, karena satu-satunya yang diciptakan secara genetik. Namun, hal ini belum sepenuhnya dikonfirmasikan. Dikenal adalah makhluk dengan sikap humanoid, tetapi memiliki beberapa fitur kucing. Tubuh Mewtwo keabu-abuan-ungu dengan bagian bawah ungu dan ekor ungu yang panjang. Dikenal memiliki tiga jari melingkar pada setiap tungkai. Memiliki mata ungu (kadang-kadang biru ketika menyerang) dan dua telinga pendek. Salah satu fitur yang paling menonjol adalah tabung yang membentang dari bagian belakang tengkorak ke tulang belakangnya. Hal ini kemungkinan sumsum tulang belakang sekunder, atau sistem saraf, yang memungkinkan peningkatan jumlah darah dan transmisi sensorik ke otak, sehingga meningkatkan kekuatan psikis.