Shedinja's tubuh didasarkan pada serangga gudang exoskeleton. Oleh karena itu, tubuhnya benar-benar berongga (itu memiliki organ-organ internal tidak). Shell terdiri dari kitin dan sama sekali tidak mampu gerakan. Seperti itu adalah cangkang gudang Ninjask sepenuhnya dikembangkan, itu memiliki bentuk serupa dengan yang kedua. Shedinja seluruh tubuh berwarna coklat dalam warna; perut dari bayangan gelap. Ada empat tonjolan di mana Ninjask's tungkai tumbuh. Apa yang tampaknya menjadi mata benar-benar slits; mungkin sebelumnya untuk Ninjask shell ditempatkan untuk melihat melalui. Shedinja memiliki satu sepasang apa tampaknya compang-camping "sayap" di punggungnya, yang sebenarnya di mana exoskeleton robek oleh Ninjask untuk membebaskan diri dari shell. Antara "sayapnya" ada lubang, di mana Ninjask melarikan diri. Setiap "sayap" membagi menjadi tiga potongan-potongan kecil. Ini "sayap" benar-benar tidak melakukan fungsi apapun, sebagai Shedinja's tubuh bergerak dan levitates. Dua garis horizontal lingkaran yang perut. Halo putih terus mengapung di atas kepalanya.