Jenis marker DNA, dihasilkan oleh pencernaan genom DNA dengan dua pembatasan enzim untuk membuat banyak fragmen DNA, ligasi tertentu urutan DNA (disebut adaptor) sampai ke ujung fragmen ini, amplifikasi fragmen melalui PCR (menggunakan seperangkat primers dengan urutan sesuai dengan adapter, ditambah berbagai kombinasi acak dari tiga pangkalan tambahan pada akhir), dan visualisasi fragmen melalui Elektroforesis gel. The PCR akan memperkuat fragmen setiap urutan yang terjadi untuk memulai dengan salah satu urutan-urutan tiga-base di set primers. AFLPs memiliki keuntungan penting yang banyak penanda dapat dihasilkan dengan relatif sedikit usaha. Mereka adalah alat yang sangat berguna kuantifikasi tingkat keanekaragaman genetik dalam dan di antara populasi. Kerugian utama mereka adalah bahwa mereka tidak spesifik untuk lokus tertentu dan, karena mereka mencetak sebagai kehadiran atau tidak adanya sebuah band, heterozigot tidak bisa dibedakan dari homozigot, yaitu, mereka diwariskan dengan cara dominan.