Perbandingan peta lokasi gen antara spesies. Hasil dari perbandingan ini menunjukkan substansial konservasi blok gen dan bahkan besar segmen kromosom antar spesies. Menggunakan besar dapat dibuat ini konservasi peta posisi. Misalnya, dalam kasus mamalia, itu berarti bahwa jika gen telah dipetakan dalam salah satu atau kedua spesies intens dipetakan (manusia dan tikus), maka lokasi kemungkinan bahwa gen pada mamalia lainnya dapat diprediksi dengan keyakinan cukup besar. Sebaliknya, jika sebuah penanda DNA anonim yang dipetakan memiliki efek pada sifat kuantitatif (ini menjadi indikasi penanda yang ditautkan ke lokus sifat kuantitatif (QTL)), mengatakan, ternak, maka pengetahuan tentang peta perbandingan antara manusia dan ternak dapat mengidentifikasi gen homolog daerah genom manusia yang bisa sesuai dengan QTL. Gen tersebut disebut komparatif calon posisi gen (q.v.).