Situasi ketika habitat yang terus-menerus menjadi dibagi menjadi terpisah, sering terisolasi tambalan kecil diselingi dengan habitat lain. Potongan-potongan kecil dari habitat hanya dapat mendukung populasi yang kecil fauna dan ini lebih rentan terhadap kepunahan. Patch bahkan mungkin tidak bisa didiami oleh spesies menduduki terbagi habitat asli. Fragmentasi juga sering menghalangi spesies dari berimigrasi antara populasi.

Fragmentasi habitat berasal dari proses geologis yang perlahan-lahan mengubah tata letak lingkungan fisik atau kegiatan manusia seperti land clearing, perumahan, perkotaan pembangunan dan pembangunan jalan atau infrastruktur lainnya. Efek kadang-kadang tidak segera terlihat dan cukup habitat pura-pura dapat dipertahankan. Namun perkawinan sekerabat, kurangnya wilayah dan kekurangan makanan adalah beberapa masalah kecil populasi dapat menjumpai. Fragmentasi habitat karena itu diperkirakan akan mengakibatkan hilangnya keanekaragaman spesies dalam jangka panjang.